Setiap pasien memiliki karakteristik kanker yang berbeda. Maka dari itu, dokter biasanya perlu melakukan pemeriksaan genomik yang mendalam untuk mengetahui profil genetik kanker sehingga dapat menentukan terapi yang sesuai dan efektif. Salah satu metode yang umum digunakan adalah pemeriksaan NGS (Next Generation Sequencing).
Pemeriksaan NGS adalah metode pengujian genetik untuk menganalisis ratusan gen secara bersamaan. Pada penanganan kanker, misalnya kanker endometrium, pemeriksaan NGS dapat menentukan subtipe molekuler kanker dan mengarahkan keputusan medis secara presisi.
Untuk mengetahui informasi lebih lengkap mengenai fungsi hingga prosedur NGS, simak artikel berikut ini.
Mengenal Pemeriksaan NGS untuk Mendeteksi Profil Genetik Kanker
Setiap pasien memiliki jenis dan karakteristik kanker yang berbeda sehingga rencana terapi yang diberikan tidak akan sama antara satu pasien dengan pasien lainnya. Untuk itu, dokter perlu melakukan pemeriksaan secara lebih mendalam guna menggali informasi mengenai profil genetik kanker pada pasien sebelum menentukan terapi yang tepat.
Salah satu metode pengujian yang umum digunakan adalah Next Generation Sequencing (NGS) yang dapat menganalisis ratusan materi genetik secara bersamaan dari berbagai sumber, yaitu gDNA (genomic DNA), RNA, cfDNA (cell-free DNA), dan ctDNA (circulating tumor DNA).
Pemeriksaan NGS ini menyediakan informasi penting yang dibutuhkan dokter mengenai mutasi genetik spesifik yang menjadi penyebab terjadinya kanker. Dengan begitu, dokter dapat menyusun rencana pengobatan yang disesuaikan dengan profil genetik tumor dan kebutuhan masing-masing pasien.
Apa Fungsi Pemeriksaan NGS?
Pemeriksaan NGS membawa kemajuan besar dalam penanganan kanker yang lebih personal, di mana setiap pasien mendapatkan terapi yang sesuai dengan karakteristik kankernya. Dalam praktiknya, pemeriksaan NGS dapat digunakan untuk:
Mengidentifikasi somatic mutations: Mutasi genetik yang terjadi seiring waktu dan tidak diturunkan dari orang tua (non-hereditary).
- Menemukan resistance mechanisms: Membantu menemukan perubahan genetik yang berkaitan dengan resistensi terhadap terapi.
- Pengobatan yang presisi (precision medicine): Mengidentifikasi mutasi genetik spesifik pada sel tumor untuk membantu dokter memilih terapi target atau imunoterapi yang paling efektif.
- Mendeteksi mutasi genetik bawaan: Mengidentifikasi mutasi genetik bawaan (germline mutations) seperti gen BRCA1/BRCA2 (pada kanker payudara/ovarium) atau Lynch syndrome (kanker kolorektal).
Memantau minimal residual disease (MRD): Pemeriksaan NGS dapat digunakan untuk mendeteksi residual tumor yang mungkin masih tersisa setelah terapi atau operasi.
Jenis-Jenis Pendekatan Pemeriksaan NGS
Berdasarkan tinjauan klinis dari Journal of Oncology Navigation & Survivorship, pemeriksaan NGS terdiri dari berbagai teknologi sequencing DNA dan RNA yang dibedakan berdasarkan jenis materi genetik yang digunakan, panjang fragmen DNA yang dibaca, dan bagian genom yang diperiksa1. Berikut adalah jenis-jenisnya:
Berdasarkan sampel/materi genetik yang digunakan:
- DNA: Digunakan untuk mengidentifikasi mutasi genetik pada tingkat DNA.
- RNA: Digunakan untuk menganalisis ekspresi gen atau mendeteksi perubahan tertentu, seperti gen fusion.
- Berdasarkan panjang fragmen DNA yang dibaca:
- Short-read sequencing: Pembacaan sekuens relatif pendek (<300 pasang basa/bp).
- Long-read sequencing: Pembacaan sekuens yang lebih panjang (>2,5 kilobasa/Kb).
- Berdasarkan cakupan target genom (target enrichment):
- Whole-genome sequencing (WGS): Memeriksa hampir seluruh genom.
- Whole-exome sequencing (WES): Memeriksa sebagian besar wilayah pengode protein dalam genom.
Targeted gene panels: Memeriksa gen atau wilayah DNA tertentu yang telah ditentukan.
Baca juga: Tes Imunohistokimia Kanker Payudara: Kenali Manfaat & Prosedurnya
Pemeriksaan NGS untuk Kanker Endometrium
Pemeriksaan NGS dapat digunakan untuk mengetahui profil genetik beberapa jenis kanker, seperti kanker payudara, kanker ovarium, hingga kanker endometrium. Pada kanker endometrium, pemeriksaan NGS diketahui dapat mengidentifikasi berbagai karakteristik molekuler untuk memprediksi prognosis dan mendukung pertimbangan terapi.
Seperti yang dijelaskan pada studi oleh Guo dkk. dalam jurnal Frontiers in Genetics, pemeriksaan NGS dapat memetakan subtipe molekuler kanker endometrium ke dalam empat kelompok, yaitu POLE, MMRd (mismatch repair deficient), p53 abn, dan NSMP (no specific molecular profile)2. Pengelompokan ini didasarkan pada karakteristik molekuler tertentu, seperti mutasi pada gen POLE, status sistem MMR, dan perubahan pada TP53 (gen penekan tumor).
Klasifikasi molekuler tersebut digunakan untuk menentukan tingkat risiko kekambuhan dan jenis terapi yang paling sesuai3. Berikut adalah penjelasan singkatnya:
Subtipe Molekuler | Keterangan | Penanganan |
POLE mut | Terdapat mutasi patogen pada gen POLE. Pasien di kelompok ini biasanya memiliki prognosis yang baik. | Pasien dengan subtipe ini yang terdeteksi pada stadium awal sering kali tidak memerlukan terapi tambahan (seperti radioterapi atau kemoterapi) setelah operasi pengangkatan rahim (histerektomi). |
MMRd | Ditemukan gangguan pada sistem perbaikan kesalahan DNA. Penanda molekuler ini sering dikaitkan dengan kelainan genetik turunan yang disebut Lynch syndrome. |
|
p53-abnormal (p53 abn) | Gen TP53 mengalami kerusakan yang fatal sehingga membuat sifat kankernya menjadi jauh lebih agresif dan berisiko tinggi. | Memerlukan penanganan yang lebih intensif sejak awal, seperti:
|
NSMP | Profil molekulernya tidak termasuk kriteria tiga kelompok di atas. Adapun prognosisnya berada di tingkat sedang, bergantung pada status reseptor hormon tumor. |
|
Baca juga: Mengenal Terapi Kanker: Perbedaan Kemoterapi, Terapi Target, dan Imunoterapi
Bagaimana Prosedur Pemeriksaan NGS Dilakukan?
Pemeriksaan NGS bekerja dengan cara membaca urutan DNA dari banyak fragmen DNA secara paralel atau bersamaan. Hasil pembacaan ini kemudian dianalisis untuk mengidentifikasi mutasi genetik dalam sel kanker. Lalu, bagaimana prosedur pelaksanaannya? Berikut adalah langkah-langkah pemeriksaan NGS:
Pengambilan Sampel.
Sampel diambil dari pasien, baik berupa jaringan tumor hasil biopsi/operasi maupun sampel darah (liquid biopsy yang mendeteksi potongan DNA tumor yang beredar di aliran darah). Sampel ini kemudian dikirim ke laboratorium untuk dianalisis.
Ekstraksi DNA.
Di laboratorium, petugas medis mengekstrak dan mengisolasi materi genetik (DNA) dari sel-sel yang ada di dalam sampel tersebut untuk dipisahkan dari komponen seluler lainnya.
Pembacaan dan Analisis Komputer.
DNA yang telah diisolasi dimasukkan ke dalam mesin sequencer dan diolah oleh program komputer khusus (bioinformatika). Program ini membaca instruksi genetik dari ratusan gen sekaligus dan membandingkan urutan DNA sel kanker tersebut dengan urutan DNA sel sehat sebagai acuan normal.
Identifikasi Mutasi & Pemilihan Terapi (Clinical Match).
Sistem mendeteksi adanya perubahan, kerusakan, atau kesalahan kode genetik (mutasi) pada sel kanker. Hasil ini membantu dokter mengetahui apakah kanker tersebut memiliki mutasi spesifik yang cocok dipasangkan dengan obat terapi target atau imunoterapi tertentu.
Pemeriksaan NGS Mendukung Penanganan Kanker yang Lebih Personal
Pemeriksaan NGS memberi gambaran bagi para dokter untuk mengenali karakter spesifik dari kanker yang dihadapi setiap pasien. Langkah ini merupakan salah satu pemeriksaan krusial untuk merancang rencana pengobatan yang presisi (precision medicine).
Jika kamu atau kerabat ingin tahu apakah pemeriksaan ini merupakan opsi yang tepat untuk mendukung rencana pengobatan, jangan ragu untuk berdiskusi langsung dengan tim dokter. Kaiser Cancer Center menghadirkan layanan Tes Genomik yang memanfaatkan teknologi Next-Generation Sequencing (NGS).
Melalui pemeriksaan NGS tersebut, dokter dapat menganalisis mutasi genetik pada jaringan tumor untuk melihat potensi respons tubuh terhadap terapi target maupun imunoterapi. Pendekatan precision medicine ini membantu dokter merancang terapi secara lebih personal, tepat sasaran, dan efektif.
Jadi, mari konsultasikan kondisimu untuk mendapatkan opsi pengobatan yang tepat bersama Kaiser Cancer Center, #CareWithClarity.
Baca juga: Pemeriksaan Kanker Payudara: Kenali Jenis Skrining dan Cara Deteksi Dini!
Referensi:
- Journal of Oncology Navigation & Survivorship. Next-Generation Sequencing Testing in Oncology [Internet]. [diakses pada 29 September 2026]. Tersedia dari: https://www.jons-online.com/special-issues-and-supplements/2020/faculty-perspectives-next-generation-sequencing-testing-in-oncology-part-4-of-a-4-part-series/next-generation-sequencing-testing-in-oncology
- Guo Y, Yan G, Zhang P, Liu Y, Zhao C, Zeng X. The clinical utility of next generation sequencing in endometrial cancer: focusing on molecular subtyping and lynch syndrome. Front Genet. 2024;15:1440971. https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1440971
- Oaknin A, Bosse TJ, Creutzberg CL, Giornelli G, Harter P, Joly F, et al. Endometrial cancer: ESMO Clinical Practice Guideline for diagnosis, treatment and follow-up. Ann Oncol. 2022;33(9):860-877. https://doi.org/10.1016/j.annonc.2022.05.009
- Zalis M, Veloso GGV, Aguiar PN Jr, Gimenes N, Reis MX, Matsas S, et al. Next-generation sequencing impact on cancer care: applications, challenges, and future directions. Front Genet. 2024 Jul 9;15:1420190. https://doi.org/10.3389/fgene.2024.1420190
- Memorial Sloan Kettering Cancer Center. Next-generation tumor genetic testing [Internet]. [diakses pada 29 September 2026]. Tersedia dari: https://www.mskcc.org/cancer-care/diagnosis-treatment/diagnosing/next-generation-tumor-genetic-testing
- Living Beyond Breast Cancer. Next-generation sequencing (NGS) tests [Internet]. 18 Nov 2024 [diakses pada 2026 Sep 29]. Tersedia dari: https://www.lbbc.org/about-breast-cancer/testing/biomarker/next-generation-genome-sequencing
- Zeng G, Zhao C, Li G, Huang Z, Zhuang J, Liang X, Yu X, Fang S. Identifying somatic driver mutations in cancer with a language model of the human genome. Comput Struct Biotechnol J. 2025 Jan 17;27:531–540. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2025.01.011
